Nueva Biblioteca

[Wolfman69]

Buenos días,
Tengo una biblioteca con muchísimos autores con el orden apellido, nombre, y si voy a la carpeta de windows donde está, efectivamente los directorios están creados de esa forma.
El problema es que tengo muchos libros que por el motivo "X" no están dentro de Calibre, ya que no tienen metadatos. y tengo muchos libros duplicados.
Entonces para poder gestionar bien los libros duplicados con el botón "find duplicates", se me ha ocurrido crear una biblioteca vacía, y añadir los libros que tengo en la antigua desde "Añadir libros desde directorios y subdirectorios" y como me creara libros duplicados los puedo gestionar y eliminar desde el propio Calibre.
En la biblioteca origen, como he dicho tengo los autores por apellido,nombre, y la estructura de directorios en windows también, pero cuando añado los libros en la nueva, la estructura de directorio que me crea en windows es unos como apellidos,nombre y otros como nombre apellidos y no entiendo porqué si el origen están todos como apellido, nombre. y lo mismo dentro de Calibre en la columna Autor.
Me podeis echar un cable?